Omicron XE se répand au Royaume-Uni – un virologue explique ce que nous savons de cette variante hybride

Au fur et à mesure que la pandémie de COVID progressait, nous avons vu à plusieurs reprises l’arrivée de nouvelles variantes virales. Les variantes préoccupantes, telles que delta et omicron, sont des versions du SARS-CoV-2 (le virus qui cause le COVID-19) qui ont acquis des mutations. Ces mutations peuvent conférer au SRAS-CoV-2 un avantage génétique – ainsi, par exemple, le delta est lié à une maladie plus grave que la souche originale de Wuhan, tandis que l’omicron est plus infectieux.

Nous voyons maintenant des variantes recombinantes telles que omicron XE. Ce ne sont pas des virus qui ont ramassé quelques mutations. Au lieu de cela, ce sont des virus contenant une combinaison de matériel génétique de plusieurs variantes, produisant une nouvelle version du virus SARS-CoV-2.

Jusqu’à présent, au moins 1 179 cas d’omicron XE ont été identifiés au Royaume-Uni (c’est le chiffre de la dernière mise à jour de l’Agence britannique de sécurité sanitaire publiée le 8 avril). La majorité de ces cas se sont produits dans le sud et l’est de l’Angleterre. Il y a également eu des rapports d’une poignée de cas ailleurs dans le monde, probablement en raison de voyages internationaux.

Alors, à quel point devrions-nous nous inquiéter pour omicron XE ? Bien que nous ne sachions pas encore grand-chose à ce sujet, ce que nous savons ne suggère pas qu’il y ait lieu de s’inquiéter sérieusement. Nous allons jeter un coup d’oeil.

Un peu sur les variantes recombinantes

Lorsque les virus se répliquent, ils commettent parfois des erreurs dans leur code génétique, entraînant des mutations individuelles. Souvent, ces mutations n’entraînent aucun changement dans la structure du virus – appelées « mutations silencieuses ». Certaines mutations, cependant, peuvent conférer un avantage. Par exemple, les mutations qui se produisent dans la protéine de pointe (la partie du SRAS-CoV-2 responsable de l’infection de nos cellules) peuvent rendre le virus plus transmissible que les variantes précédentes. Nous avons vu des mutations répétées dans la protéine de pointe produisant des variantes préoccupantes.

La recombinaison est un processus différent, par lequel deux variantes différentes infectent la même cellule, chez la même personne, en même temps. À partir de là, ils peuvent combiner leur matériel génétique, ce qui donne un virus qui possède un mélange de gènes provenant des deux virus «parents» infectants. Cette variante recombinante peut ensuite se propager à d’autres personnes, comme cela a été le cas avec omicron XE.

La recombinaison se produit lorsque deux variantes différentes infectent la même cellule en même temps.
Grace C.Roberts, Auteur fourni

En fait, plusieurs variantes recombinantes ont été identifiées dans le monde par PANGOLIN (la surveillance de la lignée SARS-CoV-2 réalisée par le consortium COVID-19 Genetics UK). Au moins trois d’entre eux – XD, XE et XF – ont été détectés au Royaume-Uni.

Certains recombinants, tels que XD et XF, sont des combinaisons du variant delta avec des lignées omicron. Vous avez peut-être entendu parler de ces hybrides, qui ont été surnommés “deltacron”. XE, cependant, est une combinaison de deux souches omicron : BA.1 et BA.2.



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Pourquoi différentes variantes se combinent-elles ?

La recombinaison génétique des virus n’est pas un phénomène nouveau. Il se produit régulièrement avec des virus tels que la grippe et le VIH. En effet, l’une des origines proposées du virus Wuhan SARS-CoV-2 original provient d’un événement de recombinaison chez les chauves-souris.

D’un point de vue évolutif, la recombinaison offre aux virus un avantage, car elle permet des modifications plus rapides et plus importantes du virus, par rapport au processus plus lent d’acquisition de mutations par des erreurs de réplication. Les virus recombinants peuvent présenter des changements marqués dans leur comportement, tels qu’une infectiosité accrue, une évasion de notre immunité existante contre le virus ou une résistance aux médicaments. Cependant, tout comme la mutation basée sur les erreurs, certains virus recombinants ne présentent aucune différence apparente avec leurs virus parents.

Nous savons qu’omicron XE tire la majorité de ses informations génétiques, y compris la protéine de pointe, de la sous-variante BA.2 d’omicron, qui est la variante prédominante au Royaume-Uni à l’heure actuelle. Il est donc probable que les caractéristiques d’omicron XE (telles que la transmissibilité, la gravité de la maladie et l’efficacité du vaccin) soient similaires à celles de BA.2. Mais il est prudent que les scientifiques continuent de surveiller et d’étudier omicron XE, car il s’agit d’un virus génétiquement distinct de ses parents.

Les données initiales pour la variante omicron XE suggèrent que le taux de croissance (c’est-à-dire la proportion de nouvelles infections dans la population) est légèrement supérieur à celui d’omicron BA.2. Cependant, comme il n’y a actuellement qu’un petit nombre d’infections par XE, les données dont nous disposons à ce sujet sont limitées et il est difficile de tirer des conclusions solides pour l’instant.

De manière rassurante, nous savons que BA.2 n’est pas plus grave que BA.1, et que les variantes d’omicron dans l’ensemble ont tendance à provoquer une maladie moins grave que les variantes précédentes du SRAS-CoV-2. Mais ils sont très contagieux.



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Le besoin de vaccins mis à jour devient de plus en plus pressant puisque tous les vaccins actuels sont basés sur la souche originale de Wuhan. Les données ont montré que plus les variantes ultérieures de la protéine de pointe ont acquis de changements, moins nos vaccins actuels sont efficaces pour prévenir l’infection. Cela dit, les vaccins sont toujours très efficaces pour prévenir les maladies graves ou les décès dus au COVID.

Bien sûr, nous avons besoin de plus de recherches pour comprendre les caractéristiques de cette nouvelle souche omicron XE. Mais il semble, à l’heure actuelle, très similaire aux souches circulantes actuelles de SARS-CoV-2. Comme nous le savons bien, ce n’est pas la première variante du virus, et il est très peu probable que ce soit la dernière.

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